В начале основания херсонской крепости и города в виду большого скопления войск в Херсоне было создано несколько военных госпиталей. Один из них – военный лазарет и Богородице Казанская церковь при нем – находились восточнее Военного форштадта на так называемой Цыганской слободке. Время основания в точности неизвестно.
Казанская Божией Матери церковь, что при Херсонском военном госпитале (бывшая лазаретная), была отчислена из ведомства главного священника армии и флота в ведомство Херсонского епархиального начальства и причислена к Херсонскому Екатерининскому собору, причт которого поседмично должен заниматься в ней Богослужением и исправлением по госпиталю требованию с тем, чтобы Богородице Казанская церковь эта отчитывалась во всем наравне с прочими церквами, епархиальному начальству подведомыми, – и чтобы при избрании к этой церкви старосты, причт и благочинный руководитель указом святейшего синода, от 12-го января 1859 года, о порядке избрания церковных старост к безприходным церквам, распубликованным по епархии 31-го матра 1859 года.
В годы гражданской войны госпиталь был разрушен, а в церкви продолжали службу. В мае 1922 года из храма изъяли всю утварь из серебра общим весом 7 фунтов и 60 золотников.
До закрытия церкви в ней проводили службу священник (акрицкий Тимофей Андреевич и диакон Лукашевич Михаил Антонович. В мае 1927 года они совершали крестный ход для освящения в полях хлебов. После закрытия храма о. Закрицкий перешел служить в церковь св. Николая Чудотворца на Забалке.